大型的項(xiàng)目如TCGA，GTEx創(chuàng)造出了大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，為人們提供了數(shù)據(jù)挖掘、理解基因功能的機(jī)會(huì)。而如何能快速獲取到這些生物大數(shù)據(jù)，從其中能夠得到什么有價(jià)值的信息，是人們一直在探索的命題。為了讓沒(méi)有生物信息學(xué)背景的研究人員也能夠輕易獲取、分析生物大數(shù)據(jù)，北京大學(xué)張澤民教授實(shí)驗(yàn)室的唐澤方等人通過(guò) R 、Perl等語(yǔ)言對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理、可視化，設(shè)計(jì)了癌癥大數(shù)據(jù)可視化 APP GE-mini (gemini.cancer-pku.cn)以及癌癥大數(shù)據(jù)分析網(wǎng)站GEPIA (gepia.cancer-pku.cn)。研究人員能夠通過(guò) GE-mini 和 GEPIA來(lái)提出問(wèn)題或是驗(yàn)證假設(shè)。

     高通量RNA測(cè)序（RNA-Seq）已經(jīng)成為一個(gè)強(qiáng)有力的轉(zhuǎn)錄組分析方法，廣泛應(yīng)用于基因功能和模式生物研究、尋找候選藥物靶點(diǎn)、識(shí)別疾病分類(lèi)和診斷的生物標(biāo)記物等領(lǐng)域。癌癥基因組圖譜（TCGA）和GTEx項(xiàng)目對(duì)數(shù)以萬(wàn)計(jì)癌癥和非癌癥樣本進(jìn)行了RNA-Seq，為包括癌癥生物學(xué)在內(nèi)的許多相關(guān)領(lǐng)域提供了前所未有的機(jī)會(huì)。TCGA項(xiàng)目中，除了726個(gè)癌旁正常組織的數(shù)據(jù)外，來(lái)自33種癌癥類(lèi)型的9736例腫瘤樣本也進(jìn)行了RNA-seq分析。

     GTEx項(xiàng)目產(chǎn)生的RNA-Seq數(shù)據(jù)包含超過(guò)8000例正常樣本。由于存在一定的差異，這樣的數(shù)據(jù)不能直接用于綜合分析。為使來(lái)源不同的數(shù)據(jù)更為兼容，UCSC Xena項(xiàng)目（http://xena.ucsc.edu/）已基于標(biāo)準(zhǔn)流程重新計(jì)算所有表達(dá)的原始數(shù)據(jù)，成為了迄今為止zui的表達(dá)數(shù)據(jù)。

      一些分析工具，如Xena、cBioPortal 、HPA等，提供了一定程度的可視化和分析功能，也在被廣泛使用，但沒(méi)有充分解決實(shí)驗(yàn)生物學(xué)家需要的許多額外的表達(dá)分析功能。

     唐澤方博士等人開(kāi)發(fā)的GEPIA，滿(mǎn)足了上述未得到充分解決的需求。

    GEPIA提供了關(guān)鍵的交互分析和定制功能，包括腫瘤/正常差異表達(dá)譜分析、剖面繪制、病理分期、患者生存分析，相似基因檢測(cè)分析和降維分析。通過(guò)簡(jiǎn)單的點(diǎn)擊GEPIA 就可以進(jìn)行綜合的表達(dá)分析，大大促進(jìn)了研究領(lǐng)域內(nèi)的數(shù)據(jù)挖掘、科學(xué)討論和治療的發(fā)現(xiàn)過(guò)程。GEPIA能夠提供快速定制功能，填補(bǔ)了癌癥基因組學(xué)大數(shù)據(jù)和為終端用戶(hù)提供集成信息之間的缺口，從而幫助實(shí)現(xiàn)當(dāng)前數(shù)據(jù)資源的價(jià)值?；诨虮磉_(dá)水平的生存分析也被廣泛用于評(píng)估某一特定基因的臨床重要性。此外，由于具有相似表達(dá)模式的基因可能具有相關(guān)功能，因此在需要識(shí)別與已知基因相似基因時(shí)，GEPIA的表現(xiàn)令人滿(mǎn)意。