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單細(xì)胞測序前的3大關(guān)鍵問題,您都處理對了嗎?

發(fā)布時(shí)間:2020-07-03瀏覽次數(shù):1331返回列表

在無數(shù)實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)中,制備高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液被公認(rèn)為重中之重。實(shí)驗(yàn)過程中,如單細(xì)胞活性不高,細(xì)胞數(shù)過低,以及污染和雜質(zhì)等問題,都會影響到有效單細(xì)胞數(shù)的產(chǎn)出、單細(xì)胞核酸的質(zhì)量等,zui終得到的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析及統(tǒng)計(jì)結(jié)果不可信。

那么,組織如何解離?需要選什么酶?還需要注意什么?科技君根據(jù)相關(guān)權(quán)-威文獻(xiàn)整理了單細(xì)胞懸液制備的方法和小貼士,讓我們一起來解決單細(xì)胞研究方案中的攔路虎。

實(shí)體組織解離關(guān)鍵——酶的合理選擇



實(shí)體組織解離兩大步驟,包含機(jī)械分離和酶消化處理。

先,組織需要通過物理切割或刀片切碎,然后通過酶消化來分離細(xì)胞。特定的組織消化酶及消化時(shí)間不同,相關(guān)建議可參考如下表格:人和小鼠的部分組織類型——肝臟、肺、皮膚、脾臟、消化道、胰腺、腎臟、視網(wǎng)膜等[1]。



表1 人鼠各類型組織酶解單細(xì)胞懸液方法總結(jié)[1]



除此之外,常用酶的類型還包括:Accutase?、彈性蛋白酶和膠原酶,以及商業(yè)酶混合物,如 TrypLE Express 和 Liberase Blendzyme 等[1],

另外,科技君也總結(jié)已發(fā)表文獻(xiàn)中常見實(shí)體組織解離所采用的酶,供大家參考,步驟詳見參考文獻(xiàn):

小鼠心臟肌肉組織:Collagenase IV and Dispase II[2]
上皮組織:dispase(Corning) -商業(yè)化試劑[3]
小鼠胚胎組織:TrypLE Express[4]
乳-腺癌及其癌旁組織:  Liberase TL (Sigma) -商業(yè)化試劑[5]
小鼠主動(dòng)脈血管:Collagenase type II (C6885, Sigma Aldrich) 和 Elastase (LS002292, Worthington Biochemistry)[6]
小鼠腦垂體:Collagenase type II, trypsin, DNase I,amphotericin B 混合[7]

血液處理成關(guān)鍵——離心穩(wěn)定操作[1]

樣品經(jīng)過密度離心(例如使用Ficoll-Paque或Histopaque-1077技術(shù)),可以直接用于外周血單核細(xì)胞(PBMC)捕獲[1]。

建議不少于5mL EDTA 抗凝血,且不要使用肝素抗凝管收集血液;同時(shí)注意在合適轉(zhuǎn)數(shù)離心操作后,管中內(nèi)容物分為三層,上層為血漿(內(nèi)含細(xì)胞碎片),中間層為分層液,底層為紅細(xì)胞,在上、中層液體界面處可見到乳白色混濁的單核細(xì)胞層( 白膜層,?。?。此時(shí),需使用無菌吸管小心沿離心管壁周緣吸取界面層單核細(xì)胞后,再加入HBSS /PBS重懸。geng多注意事項(xiàng)請參見華大科技單細(xì)胞送樣建議。

單細(xì)胞懸液制備的8條建議[1]

1. 建議采用無菌樣品處理方式,包括使用不含核酸酶的試劑和耗材。

2. 為降低對細(xì)胞的損傷,移液和離心應(yīng)保持在zui低程度。在一定的離心速度、時(shí)間和溫度下,細(xì)胞濃度和大小直接影響制備的效率。

3. 在進(jìn)行細(xì)胞清洗和重懸過程中,使用具有合適大小的器皿,避免高濃度導(dǎo)致細(xì)胞集聚和結(jié)塊,請注意選擇。

4. 應(yīng)使用適當(dāng)大小的細(xì)胞過濾器過濾懸浮液,孔徑大于細(xì)胞直徑,以去除團(tuán)塊和碎片。

5. 細(xì)胞清洗和復(fù)蘇,推薦使用含牛血清的磷酸鹽緩沖鹽水(不含鈣和鎂),減少細(xì)胞損失和聚集的白蛋白。

6. 細(xì)胞裂解升高可導(dǎo)致細(xì)胞團(tuán)塊形成,在細(xì)胞分離過程中,DNase I可減少細(xì)胞團(tuán)塊形成。

7. 細(xì)胞團(tuán)塊會導(dǎo)致自動(dòng)細(xì)胞計(jì)數(shù)器低估單個(gè)細(xì)胞的有效濃度,因此制備后應(yīng)盡快處理懸浮液,zui-好在30分鐘內(nèi)處理。

8. 總之,在單細(xì)胞制備中,盡可能減少細(xì)胞聚集物、死亡細(xì)胞、非細(xì)胞核酸和逆轉(zhuǎn)錄(RT)抑制劑是非常重要的。為了在zui大限度地提高不同細(xì)胞類型的純度和無偏回收率的同時(shí),zui小化這些污染物,可能需要應(yīng)用優(yōu)化,例如,調(diào)整洗滌步驟的數(shù)量、洗滌溶液的組成、離心條件和/或過濾器類型。

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