脈動真空滅菌器滅菌利用機(jī)械抽真空的方法，使滅菌室內(nèi)形成負(fù)壓，蒸汽得以迅速穿透到物品內(nèi)部，與器械接觸后飽和蒸汽釋放出大量的潛熱（2250KJ），當(dāng)蒸汽遇到冷的滅菌物品時即冷凝成水，釋放全部潛熱，使滅菌物品的溫度快速的升高，迅速升高的溫度使細(xì)菌中的蛋白質(zhì)凝固變性，從而將所有微生物包括細(xì)菌芽孢全部殺死。脈動真空滅菌器滅菌時程序的運(yùn)行過程如下：
    一、脈動
    對滅菌器內(nèi)室進(jìn)行抽真空、進(jìn)蒸汽操作，反復(fù)進(jìn)行三次，然后再次抽真空，待內(nèi)室壓力到達(dá)脈動下限后，程序轉(zhuǎn)入升溫階段。經(jīng)過該階段后，內(nèi)室的冷空氣排除率可達(dá)到99%以上，確保內(nèi)室無死點，保證滅菌的合格。 
    二、升溫
    蒸汽經(jīng)過滅菌器夾層進(jìn)入內(nèi)室，對器械進(jìn)行加熱，同時內(nèi)室疏水閥間歇性開啟，將蒸汽冷凝后產(chǎn)生的水排出。內(nèi)室溫度達(dá)到設(shè)定值后程序轉(zhuǎn)入滅菌階段。 
    三、滅菌
    開始滅菌計時，在此期間內(nèi)室進(jìn)汽閥受到內(nèi)室溫度和壓力的共同控制以確保內(nèi)室保持在一定的溫度范圍內(nèi)對器械進(jìn)行滅菌。當(dāng)內(nèi)室溫度高于滅菌器設(shè)定的數(shù)值上限時，進(jìn)汽閥關(guān)閉，低于數(shù)值下限時，進(jìn)汽閥打開；同時，當(dāng)內(nèi)室壓力高于數(shù)值上限時，進(jìn)汽閥也會關(guān)閉，低于內(nèi)室壓力下限值時，進(jìn)汽閥打開以確保滅菌階段溫度的上下波動不超過3°。滅菌計時結(jié)束后，程序轉(zhuǎn)入排汽階段。 
    四、排汽
    排汽閥打開，內(nèi)室的蒸汽在內(nèi)外壓差的作用下排出，經(jīng)過換熱器的作用，大部分蒸汽冷凝成水，少部分蒸汽經(jīng)過濾后排至大氣。內(nèi)室壓力下降到設(shè)定值后，程序轉(zhuǎn)入干燥階段。 
    五、干燥
    真空泵打開對內(nèi)室進(jìn)行抽真空，同時夾層保持一定的壓力和溫度，起到烘干器械的作用。 
    六、結(jié)束
    蜂鳴器呼叫，此時可以打開門將滅菌車推出進(jìn)行器械的晾放。