PCR反應(yīng)能否成功，退火溫度是關(guān)鍵，梯度PCR儀每個(gè)孔的溫度可以在范圍內(nèi)按照梯度設(shè)置，根據(jù)結(jié)果，一步就可以摸索出適反應(yīng)條件。一次性PCR擴(kuò)增可以設(shè)置一系列不同的退火溫度條件（通常12種溫度梯度）的稱之為梯度PCR儀。因?yàn)楸粩U(kuò)增的不同的DNA片段其適合的退火溫度不同，通過(guò)設(shè)置一系列的梯度退火溫度進(jìn)行擴(kuò)增，從而一次性PCR擴(kuò)增就可以篩選出表達(dá)量高的適合退火溫度進(jìn)行有效的擴(kuò)增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴(kuò)增，這樣可節(jié)省試驗(yàn)時(shí)間、提高實(shí)驗(yàn)效率，又節(jié)約實(shí)驗(yàn)成本。在不設(shè)置梯度的情況下亦可當(dāng)做普通的PCR用。梯度PCR儀多應(yīng)用于科研、教學(xué)機(jī)構(gòu)。

PCR儀適用于分子生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、食品工業(yè)、司法科學(xué)、生物技術(shù)、環(huán)境科學(xué)、微生物學(xué)、臨床診斷、流行病學(xué)、遺傳學(xué)、基因芯片、基因檢測(cè)、基因克隆、基因表達(dá)等領(lǐng)域以聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（Polymerase Chain Reaction , PCR）為特征的、以檢測(cè)DNA/RNA為目的的各種病原體檢測(cè)及基因分析