目前色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀在分析儀器中具有重要地位。由于色譜儀的色譜柱具有的分離能力，把物質(zhì)按保留時間大小進(jìn)行分離，然后通過與標(biāo)樣保留時間進(jìn)行對比的方法確定物質(zhì)性質(zhì)，因此對未知樣品很難定性分析。而質(zhì)譜儀是直接測定物質(zhì)的質(zhì)量數(shù)與電荷的比值（m/z）在定性分析方面既準(zhǔn)確又快速。把色譜與質(zhì)譜聯(lián)合起來使用，色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀型式試驗實(shí)際上是把質(zhì)譜儀作為色譜儀的一個通用檢測器來使用。
色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀基本工作原理
為了質(zhì)譜儀器的正常工作，必須要組成高真空系統(tǒng)的真空室。儀器使用了高性能的渦輪分子泵與前級真空泵構(gòu)成兩級真空機(jī)組以確保所需的真空。被分析樣品經(jīng)毛細(xì)管柱分離，進(jìn)入離子源。采用電子電力標(biāo)準(zhǔn)配置（EI），產(chǎn)生正離子，在推斥、聚焦、引出電的作用下將正離子送入四桿系統(tǒng)。四桿在高頻電壓與正負(fù)電壓聯(lián)合作用下形成高頻電場，在掃描電壓作用下，只有符合四場運(yùn)動方程的離子才能通過四桿對稱中心到達(dá)離子檢測器，再經(jīng)離子流放大器放大，產(chǎn)生質(zhì)譜信號。得到了質(zhì)譜圖，通過解釋譜圖或進(jìn)行譜庫檢索以識別未知樣品的組成。
色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀組成部分
（一）、真空系統(tǒng)：
2級真空：
機(jī)械泵和渦輪分子泵
機(jī)械泵一般時前級真空，也就是在機(jī)械泵把真空降到一定水平后才啟動渦輪分子泵，以保護(hù)分子泵。所以儀器從大氣壓到真空合適的狀態(tài)一般要經(jīng)過一段時間的。
（二）、進(jìn)樣系統(tǒng)：
從分離裝置來的組分（氣體或者液體）或者從直接進(jìn)樣桿進(jìn)液體或者固體樣品。
（三）、離子源
離子源： 主要作用是使欲分析的 樣品實(shí)現(xiàn)離子化，尤其是中性物質(zhì)帶上電荷。
樣品本身性質(zhì)的差異，決定了離子化的方式不能有的離子源，離子源的類型也是多種多樣。
（四）、質(zhì)量分析器
質(zhì)量分析器是質(zhì)譜儀的核心部件，因此常以質(zhì)量分析器的類型來命名一臺質(zhì)譜儀。
( 五）、檢測器：目前是光電倍增器應(yīng)用較廣。
( 六）、采集數(shù)據(jù)和控制儀器的工作站。 
色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀應(yīng)用范圍
1、應(yīng)對各種突發(fā)事件，如有害物質(zhì)泄漏、重大環(huán)境災(zāi)害等。
2、凡是需要?dú)庀嗌V儀進(jìn)行檢測的場合，特別是對未知樣品進(jìn)行定性分析的地方。
3、反恐斗爭、禁毒緝毒、爆炸物品分析等。