特別提示:包括超級雜交液(芯片)在內(nèi),本公司的所有產(chǎn)品僅可用于科研實驗,嚴(yán)禁用于臨床醫(yī)療及其他非科研用途!
產(chǎn)品名稱:超級雜交液(芯片)
英文名稱:Super hybrid solution(chip)
產(chǎn)品貨號:BTN130905
產(chǎn)品規(guī)格:10mL
基因芯片是將大量靶基因(DNA片段)有序地、高密度地點在玻璃片或硅片或塑料片上等載體上所形成的矩陣?;蛐酒s交一般情況下是將待測的兩種樣品(主要是RNA樣品)分別用Cy3和Cy5兩種熒光染料標(biāo)記,制備成探針與芯片雜交,雜交信號用激光掃描儀檢測,計算機(jī)分析檢測結(jié)果,可獲得類似與傳統(tǒng)的點雜交的雜交數(shù)據(jù),以達(dá)到快速、、高通量及平行性的分析表達(dá)譜的目的。本產(chǎn)品為即用型芯片專用的雜交液,可用于各種標(biāo)記的探針(主要是Cy3和Cy5標(biāo)記的RNA探針)跟基因芯片的雜交實驗。
儲存條件:低溫運輸,-20℃保存,有效期一年。
使用方法:
一、
預(yù)雜交(下面的操作以載玻片為例)
預(yù)雜交的主要作用是在加入標(biāo)記探針之前從載玻片上洗去未結(jié)合的靶基因(靶DNA),同時封閉載玻片表面可能與標(biāo)記探針進(jìn)行非特異性結(jié)合的反應(yīng)性基團(tuán)(如自由氨基),從而降低非特異的背景。所有的預(yù)雜交、雜交、雜交后洗滌都在Coplin染缸或者顯微鏡載玻片盤等雜交盒中進(jìn)行。
1.在室溫下,將載玻片浸入裝有本產(chǎn)品的雜交盒中(本產(chǎn)品的用量根據(jù)雜交盒的大小決定,以能夠浸埋載玻片為準(zhǔn))。將雜交盒在42℃水浴中放置30~45分鐘,無需震動。
2.在室溫下用去離子水清洗載玻片數(shù)次。
3.(可選)用異丙醇(HPLC級)漂洗載玻片。
4.在加入雜交溶液之前,空氣晾干或者通過離心(室溫下以2000g離心5分鐘,有陣列的一面朝外)干燥載玻片,將干燥后的載玻片立即用于雜交。如果載玻片干燥時間超過1小時,雜交效率可能會迅速下降。
二、
雜交
1. 將等同于至少1μg polyA RNA或100μg總RNA的Cy3和Cy5標(biāo)記的探針RNA混合在一起,zuì終體積約為6μL。如果沒有這么多的,則需要進(jìn)行RNA擴(kuò)增。
2. 將6μl標(biāo)記DNA和30μL本產(chǎn)品在塑料離心管中混合,得到雜交液。
3.(可選)將雜交液在微量離心機(jī)中10,000 g離心5分鐘,然后將上清液轉(zhuǎn)移到新的塑料離心管中。本步驟以去除靶序列純化過程中帶入的微量玻璃纖維和其他高分子質(zhì)量的顆粒。
4. 將上清液在100℃下加熱2分鐘,然后在30℃水浴中冷卻30秒。加熱混合液可以降低背景。不要將溶液放置在冰上,因為可能會有沉淀析出。
5. 將適量的雜交溶液加到DNA微陣列上,再小心的蓋上蓋玻片,蓋玻片和DNA微陣列之間不能有氣泡。
6. 將載玻片置于一個空的移液器吸頭盒的上層,下層裝5mL自備的3×SSC,蓋上蓋子即得潮濕的環(huán)境。由于雜交是在很小的體積下進(jìn)行的,在密閉的潮濕保持適當(dāng)?shù)碾s交適度非常重要,過分干燥則蓋玻片會粘附在DNA微陣列上,背景會很高;過于潮濕則冷凝的液體會進(jìn)入蓋玻片區(qū)域,降低雜交信號。
7.在42℃下將載玻片溫育14~16小時。
三、
雜交后的清洗
注意在下面的所有操作過程中,一定不要讓載玻片干燥。
1.雜交完畢,拆卸雜交盒。如果雜交盒是浸入水浴中的,在松開螺絲之前,仔細(xì)擦干水痕,尤其是兩個半片盒子之間的水痕。
2.從雜交盒中取出載玻片,浸沒于大量的0.5×SSC(含0.01 % SDS)溶液中,直到蓋玻片分離。
3. 蓋玻片除去后,將載玻片放到玻片夾持器上,然后浸入裝有約250mL 0.5×SSC(含0.01 % SDS)溶液的避光容器中。將容器放在軌道振蕩器上,并將載玻片振蕩2分鐘。
4. 將載玻片和夾持器一起浸入到另一個裝有約250mL 0.5×SSC溶液的容器中,再次將載玻片振蕩3分鐘。
5. 將載玻片和夾持器一起浸入到另一個裝有約250mL 0.1×SSC溶液的容器中,再次將載玻片振蕩3分鐘。
6. 重復(fù)上一步2次,每次清洗1分鐘。
7.快速(<10秒)將載玻片和夾持器一起浸入到另一個裝有約250mL 0.01×SSC溶液的容器中,立即將載玻片放到鋪有3M Whatman濾紙的離心機(jī)微量滴定板夾持器中。低速離心約5分鐘迅速干燥玻片。
8. 將載玻片放置在避光的盒子內(nèi)直到準(zhǔn)備掃描。(盡量在當(dāng)日內(nèi)進(jìn)行掃描,因為隨著時間的延長信號會降低)
疑難解答:
問題一:
高背景(熒光或黑洞)
解決方案:對標(biāo)記探針進(jìn)行足夠的純化;清洗過程中操作要迅速,避免載玻片干燥;雜交溶液需要與載玻片基底相匹配。
問題二:
沒有雜交信號或雜交信號非常弱
解決方案:雜交過程中應(yīng)該連續(xù)振蕩,不應(yīng)該有氣泡,避免玻片變干;檢查RNA的純化和標(biāo)記;更換雜交試劑。
根據(jù)您的關(guān)注的
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貨號
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名稱
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規(guī)格
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BTN90605C
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TdT加尾法DNAdì高辛標(biāo)記試劑盒
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5次
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BTN130907
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脫脂奶粉
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50g
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BTN100809
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SSPE溶液,20×
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250mL
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KFS165
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Ca2+ GPCR分析-鈣離子指示探針 Fluo-2, AM
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200μL
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KFS176
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鉀離子熒光探針
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1mg
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KFS377
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活性氧ROS檢測熒光探針-DHE,紅300/610
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5mg
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SY0559
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7-氨基放線菌素D
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1mg
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關(guān)注
超級雜交液(芯片),的同時,為您推薦更多您可能感興趣的產(chǎn)品:
名稱:PCR法DNA探針標(biāo)記試劑盒
貨號:BTN90604A
規(guī)格:5次
PCR標(biāo)記的原理是用帶標(biāo)記的dNTP進(jìn)行PCR,zuì后得到的PCR產(chǎn)物將帶有標(biāo)記,可以直接用于雜交試驗。其原理示意圖如下:
產(chǎn)品特點:
1.一站式,本試劑盒提供經(jīng)過優(yōu)化的試劑,不需要用戶自己摸索。
2. 足夠10次50μl體系的常規(guī)PCR(用于制備標(biāo)記反應(yīng)的模板和設(shè)置對照反應(yīng))和5次50μl體系的標(biāo)記反應(yīng)。
3.一次標(biāo)記可以得到μg級的雙鏈DNA探針或約700ng的單鏈DNA探針,足夠多次雜交實驗用。
4. 既可用于制備雙鏈探針,也可以用于單鏈探針。
5. 90604A需自備含標(biāo)記核苷酸的dNTP,90604B和90604C分別含生物素和dì高辛標(biāo)記的底物。自備的標(biāo)記包括fluorescein-dUTP、hydroxycoumarin-dUTP、resorufin-dUTP和aminoallyl-dUTP等。
6. 本產(chǎn)品得到的探針參入率一般為4-5%(每100個核苷酸中有4-5個將帶有非同位素標(biāo)記),有效降低了空間阻礙,檢測效果zuì佳。
7.可以用于Southern和Northern Blot、原位雜交、菌落和斑點印跡雜交等分析。
試劑盒組成:
成分
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規(guī)格
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2×標(biāo)記專用PCR Mix
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500μl
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dNTP,2mM each
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50μl
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含Biotin-11-dUTP的dNTP
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25μL(僅B有)
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含DIG-11-dUTP的dNTP
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25μL(僅C有)
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超純水
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1ml
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說明書
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1份
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注:標(biāo)記專用PCR Mix不含dNTP。
儲存條件:低溫運輸,-20℃保存,有效期一年。
使用方法:
一:準(zhǔn)備工作
1. 按常規(guī)的方法設(shè)計PCR引物,使探針長度在400-800bp之間。過短則標(biāo)記參入少,探針雜交信號強(qiáng)度減弱;過長則非特異雜交增加,背景變強(qiáng)。
2. 根據(jù)PCR引物優(yōu)化PCR條件。
3. 由于標(biāo)記的dNTP比較珍貴,所以本試劑盒不推薦以基因組DNA或其他復(fù)雜DNA為模板直接進(jìn)行PCR標(biāo)記,而是建議采取下述的兩步法標(biāo)記來提高成功率,即先制備非標(biāo)記PCR產(chǎn)物,再以之為模板制備標(biāo)記的PCR產(chǎn)物。
二:非標(biāo)記PCR產(chǎn)物的制備
4. 設(shè)置50μL PCR的反應(yīng)體系:
成份
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用量
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2×標(biāo)記專用PCR Mix
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25μl
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dNTP,2mM each
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5μl
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自備的探針引物一(10pmol/μL)
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1μL(10μM)
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自備的探針引物二(10pmol/μL)
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1μL(10μM)
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自備的模板DNA
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1μg基因組DNA或1ng質(zhì)粒DNA
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超純水
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補(bǔ)到50μL
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5. 按已經(jīng)優(yōu)化的PCR參數(shù)進(jìn)行PCR。
6.電泳檢測和膠回收所需的PCR產(chǎn)物,并定量。用10 pmol引物一般能得到1μg左右的PCR產(chǎn)物(具體取決于PCR產(chǎn)物的長度)。注意:zuì好采取膠回收而不是PCR回收以避免殘留引物干擾后續(xù)的標(biāo)記PCR。
三:標(biāo)記PCR反應(yīng)(zuì好做一個不加標(biāo)記的對照用于定量)
說明:在設(shè)置下面反應(yīng)時,如果加一種引物,就得到單鏈標(biāo)記的PCR產(chǎn)物;如果加兩種引物,則得到雙鏈標(biāo)記的PCR產(chǎn)物。由于雙鏈PCR探針在雜交前雖然要變性成單鏈后使用,但雜交時變性的雙鏈彼此還會復(fù)性,這種復(fù)性會與探針-靶DNA雜交反應(yīng)相競爭,降低雜交效率,因此強(qiáng)烈推薦使用單鏈標(biāo)記的DNA探針。
成份
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樣品
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對照
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2×標(biāo)記專用PCR Mix
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25μl
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25μl
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含Biotin-11-dUTP的dNTP或
含DIG-11-dUTP的dNTP或
自備的含其他標(biāo)記dUTP的dNTP
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5μl
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不加
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dNTP,2mM
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不加
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5μl
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雙鏈標(biāo)記:探針引物一和引物二
單鏈標(biāo)記:探針引物一或引物二
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每種50 pmol
一種50 pmol
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每種50 pmol
一種50 pmol
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上步膠純化所得PCR產(chǎn)物
(單鏈標(biāo)記可用100ng)
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10 ng
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10 ng
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超純水
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補(bǔ)到50μL
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補(bǔ)到50μL
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注意:本試劑盒提供的dNTP混合物中,標(biāo)記底物與非標(biāo)記底物的比例已經(jīng)進(jìn)過優(yōu)化,如果自備標(biāo)記dUTP,其與dTTP的zuì佳比例需要優(yōu)化,標(biāo)記不同,比例不同。對DIG-11-dUTP,zuì佳比例1:3;對BrdUTP,zuì佳比例為1:1。
7. 按第5步的PCR參數(shù)進(jìn)行標(biāo)記PCR,但需要進(jìn)行下列修改:一是循環(huán)數(shù)增加到35-55個循環(huán)。由于模板為純化后的PCR產(chǎn)物,探針對擴(kuò)增長度完整性要求不高(長度不均的探針由于能形成網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),效果反而更好),所以可以增加循環(huán)數(shù);二是延伸時間增加15秒,因為標(biāo)記dUTP參入到DNA的速度比常規(guī)的dTTP慢;三是降低復(fù)性溫度5-7℃,因為標(biāo)記核苷酸參入到DNA后,新模板的Tm值將降低。
8. 標(biāo)記探針的定量:取標(biāo)記反應(yīng)和對照反應(yīng)的產(chǎn)物1-5μl,在瓊脂糖凝膠上跟濃度已知的DNA marker一起電泳,并判斷探針的濃度。由于標(biāo)記反應(yīng)的PCR產(chǎn)物中額外帶有非同位素的配體(生物素,dì高辛等)、因此其泳動速度將慢于非標(biāo)記PCR產(chǎn)物(但同位素標(biāo)記不能用此法)。
注意:如果擴(kuò)增的是單鏈DNA探針,其結(jié)合EB的能力遠(yuǎn)低于雙鏈DNA(EB是嵌合到雙鏈堿基對之間的,而單鏈DNA沒有堿基對,只有一些局部區(qū)域折疊形成的有限雙鏈區(qū),因此能結(jié)合的EB很少),因此EB染色的強(qiáng)弱不能準(zhǔn)確反應(yīng)DNA的濃度,可以采用銀染定量(跟marker比較)。一般100ng模板按上述條件經(jīng)過單鏈PCR擴(kuò)增可得到700ng左右探針。
9. 剩余的PCR標(biāo)記產(chǎn)物可以不經(jīng)過純化,直接加入(對單鏈PCR探針)雜或加熱變性并急冷后加入(對雙鏈PCR探針)到雜交液中使用。如果暫時不用請放-20℃長期保存。如果需要純化,請使用乙酸銨/乙醇沉淀法。
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